時代的背景是三國統一後，晉朝東渡，北方成為胡族的舞台，南方要和胡族爭土地。
大家應該對東漢末年，張角黃巾有印象，但後來被滅後，由張魯在漢中的政權最為人知，後來吳國沿海之地多是此道教的教徒。
後來司馬氏東晉政府腐敗的管治之下，漸漸沿海地帶的民心沸騰，所以給五斗米道的滋生一個很好的條件，只懂鎮壓而不懂安撫民心的腐敗政府當然失敗，也給劉裕等寒士英雄倔起的機會。
孫恩（？～402）為東晉 五斗米道道士和起義軍首領。字靈秀。 祖籍瑯琊（今山東膠南縣境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。 其叔父孫泰（字敬遠）奉吳郡錢塘五斗米道首領杜子恭為師。杜子恭死後，孫泰繼傳杜子恭道法，受人敬信。
東晉黃門郎孔道、鄱陽太守桓放之、驃騎諮議週勰等皆敬事孫泰。 東晉隆安二年（398），爆發王恭之亂，孫泰以為晉祚將盡，乃以討王恭為名，私合徒眾數千人，準備起事。
事未發， 司馬道子父子誘斬了孫泰及其六子。 孫恩逃入海島，聚眾百餘名立志為孫泰復仇。
隆安三年，會稽王世子、揚州刺史司馬元顯發東土諸郡免奴為客者，號曰「樂屬」，移京師充兵役。
孫恩趁民心騷動之際，率眾從海島攻克上虞，乘勝破會稽（今浙江紹興），殺會稽內史、五斗米道徒
王凝之 。會稽、吳郡、吳興、義興、臨海、永嘉、東陽、新安八郡人民群起響應。
「旬日之中，眾數十萬」。 孫恩起義軍佔領了會稽八郡。 孫恩據會稽，自稱「征東將軍」，置立官職，號其徒眾為「長生人」，上表請誅會稽王道子和元顯父子。 東晉畿內諸縣，「盜賊處處蜂起，恩黨亦有潛伏在建康者，人情危懼，常慮竊發，於是內外戒嚴。」東晉王朝派謝琰率重兵討伐孫恩，浙東八郡起義軍匯聚於會稽，「其婦女有嬰累不能去者，囊簏盛嬰兒投於水，而告之曰： 賀汝先登仙堂，我尋後就汝」
隆安三年十二月，謝琰率軍攻下義興，擊殺起義軍頭領許允之。接著進兵吳興；屯兵烏程（今浙江吳興縣南）。分兵配合劉牢之 ，向錢塘江推進。孫恩見東晉官軍將渡錢塘江，乃率男女二十餘萬口向東撤退。後又退入海島。
隆安四五年間，義軍與東晉官軍繼續激戰，並一度逼近建康，攻破廣陵（今江蘇揚州）。 後因東晉政府加強沿海防務，起義軍給養困難，加以疫病流行，「死者大半」。
元興元年（402）三月，孫恩進攻臨海失敗，乃赴海自沉，五斗米道信徒認為他已成「水仙」，投水從死者百有餘人。義軍餘眾數千人復推孫恩妹夫盧循為領袖，繼續鬥爭，後盧循義軍佔領廣州，一度大舉北伐，直至義熙七年（411）終告失敗。
孫恩五斗米道徒信奉長生久視之道，信仰天、地、水三官，尤其相信水仙。孫恩以五斗米道組織起義，動搖了晉室的封建統治，也引起了南北朝時期道教上層人物冠謙之、陸修靜對道教的「改革」和南北天師道的出現。 《隋書·經籍志》著錄有《孫恩集》五卷，已佚。
雖然在三吳地區造成了很大的影響，但孫恩除了會用宗教迷惑人以外，並沒有多少才能和遠見。他帶領的軍隊一派流寇作風，到了一個地方，除了殺死地方官之外，就只會劫掠財物，燒毀倉庫房屋，甚至於砍伐樹木，填埋水井，完全是一個瘋狂的破壞者形象。
他出身於次等士族之家，本來就恨世家大族佔據著高位，讓他們難有機會進階，所以對他們的屠戮也格外嚴重。王家和謝家首當其衝，除了王凝之以外，包括謝安的兩個侄子在內的許多王謝子弟都被殺死。
如果孫恩的政治才能再高一些，他本來會有更大的作為。但他缺乏政治遠見，也沒有堅定的意志，這些都注定了他的事業不可能長久。
在起兵的初期，他聽說有八個郡的民眾起來響應他，不禁喜形於色，對屬下說：「天下沒大事了，過幾天咱們就穿著朝廷的官服到建康去。」
後來聽說劉牢之來了，他又立即改變了遠大目標，轉而說：「就算我只割據浙東這塊地方，總也能做個勾踐 ！」
又過了幾天，聽說劉牢之已經帶著軍隊渡江，他又放低了目標，說：「就算逃走，也沒什麼丟人的！」
於是孫恩帶著二十多萬百姓向東逃去。在逃跑的路上，他總算展現出了一些智慧，一路上丟下許多財物婦孺，等隨後趕來的官軍們看到了，沿途競相搶奪，這一下給孫恩爭取到了時間，他終於順利逃走了。
此後孫恩的事業有起有落，返回海島又重登陸地，但終因能力有限，錯過了許多大好機會。
當桓玄起兵討伐司馬道子時，官軍本來已經無暇再來和他打仗，但孫恩卻沒能及時整頓隊伍再反攻回去，直到桓玄掌握了朝政，政局穩定下來，朝廷又能騰出手對付他的時候，孫恩才覺得已經無力回天，乾脆投水自盡，一些家屬和信徒也跟著投水自殺。
但事後仍然有很多人迷信他，不相信他會這麼容易就死去，稱這些投水的人為「水仙」。
這次孫恩事件給了朝廷很大的打擊。其間都督軍事的謝氏家族成員謝琰因驕傲大意而兵敗被殺，從此門閥士族徹底退出重要的軍事職位，給劉牢之、 劉裕等次等士族出身的將領提供了機會。
動亂之後，地方上的百姓都盼著官軍早點過來收復失地，但沒想到劉牢之的軍隊來了以後和孫恩一樣大肆搶掠，百姓們失望至極，紛紛躲藏在外，各地郡縣城中都見不到人影，過了一個多月才漸漸有人回來。一片兵荒馬亂中，只有劉裕的部隊軍紀嚴明，秋毫無犯，一路上都受到百姓的歡迎。 如今的劉裕戰功和名望都蒸蒸日上，成了孫恩事件中最大的受益者。
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