在這款「新世紀福音戰士 綾波育成計畫with明日香補完計畫」中，玩家將扮演「福音戰士」駕駛員綾波零與惣流．明日香兩人的保護監督主任，並持續給予兩人身為福音戰士駕駛員的教育與訓練，使兩人成為能與使徒對戰、獨當一面的優秀駕駛員。而本作除了追加之前已經發售的PC與DC版所沒有的原創要素外，另外在畫面表現上也比前作更加美麗精緻，同時遊戲的破關結尾也比之前DC版的20種破關結局要大幅增加，總計共有50種不同的破關結局，讓喜歡綾波與明日香的玩家可以來盡情嘗試不同的結局內容。
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