「世紀爭霸對我們來說是非常成功的經驗，但我們並沒有因為這份殊榮而暫緩了《世紀爭霸 2》的開發計畫，」斐凡迪環球的執行副總裁 Michael Pole 說道，「雖然研發工作期相當長，但這也是我們為了確保《世紀爭霸 2》能在各個方面，不僅能延續前作的好口碑，更能有長足的進步。」
依照前作的遊戲架構，《世紀爭霸 2》將在遊戲的 14 個文明中，加入更多獨特的部隊單位、特有能力、和名垂青史的領袖人物。而在一般即時戰略遊戲中只是點綴裝飾用途的城市、領土、國界等，在《世紀爭霸 2》中也成為國與國之間談判交易的籌碼，就像真實的政治歷史一樣。遊戲中的可調整的人工智慧在續作中則更加積極多變，並隨著對手的行動決策不斷調整，當設定為最高難度時，對喜愛挑戰的玩家來說，將感受前所未有的緊繃壓力。
為了讓不常接觸即時戰略的玩家也能輕鬆上手，避免因為不熟悉這類遊戲的特色，或是遊戲過度困難而產生挫折感，《世紀爭霸 2》在單位管理系統上盡量簡化，讓指派單位移動和採集資源更加方便。新加入遊戲設計中的陣型概念，則讓部隊在進行攻擊和探索地圖時都更有效率，戰鬥中的控兵技巧將不再是新手視為畏途的項目，探索區域時也比較不容易遭到「猛獸」的攻擊―雖然這些都是即時戰略遊戲常有的特色，但常常使剛接觸的玩家感到挫折。而在科技研發的項目上，《世紀爭霸 2》也作了修正，使遊戲中的科技發展能更貼近人類文明的進展。
《世紀爭霸 2》的多人連線模式也有大幅度的改進，新的「皇冠」獎勵模式，將針對玩家在軍事、經濟、帝國發展、文明等各方面的傑出表現，提供即時且非常有用的獎賞，而在遊戲進行時，將會有一個特別的「作戰計畫」地圖，讓同隊隊友可以共同策劃部隊的行進路線。多人連線總共有 9 種遊戲方式，像是新增加的「熱點」模式，隊友必須分兵合作攻佔指定戰略地點，有效化解敵方反擊，並成功守衛指定地點才能達成勝利。其他《世紀爭霸 2》連線模式新增的特點還包括了遊戲記錄存檔、錦標賽支援、連線合作劇情模式、以及改良的賽事統計系統等。
官方表示：在《世紀爭霸 2》中，玩家將創造歷史、領導文明，成為跨越世紀的偉大征服者，從發現火開始，到發明電燈，再到科技先進的未來世界，《世紀爭霸 2》將再次刻劃人類文明史，每個玩家，都將是戰場上卓越的領導者，也是文明和帝國中偉大的統治者。
