《縱橫諜海 3：混沌理論》的故事起於美國東岸一場神秘大停電所造成的一連串混亂，背後疑似有著資訊戰的陰影存在，玩家們將扮演第三梯隊裡的頂尖幹員 - 山姆‧費雪（Sam Fisher）前往北韓調查並阻止資訊攻擊的新來源，為了達成任務，將運用到一些特別的反間行動來收集情報，壓制瓦解敵對勢力。
《縱橫諜海 3：混沌理論》多人連線模式玩法，除了去年 E3 時展示過的新玩法：多人合作模式（co-operative multiplayer）之外，另有多人對戰模式（versus multiplayer），其中《縱橫諜海 3：混沌理論》的單人模式以及多人合作模式由 Ubisoft Montreal 工作室負責製作之外，其多人對戰模式則交由負責開發前作《縱橫諜海：潘多拉計劃》頗受好評的多人對戰模式之 Ubisoft Annecy 工作室來製作。
新的《縱橫諜海 3：混沌理論》多人對戰模式另細分了三種子模式：「劇情模式（Scenario）」、「奪取碟片模式（Disk Hunt）」、「死亡對決模式（Deathmatch）」；其中「劇情模式」將會有特定的目標待扮演間諜的玩家去完成，例如關閉特定儀器、帶走硬碟機匣傳送資料或是引爆炸彈等，當然，另一隊僱傭兵玩家則是要不計一切的來阻止間諜玩家完成這些任務；「奪取碟片模式」則是間諜隊伍要帶走關卡中不定數量的光碟，而僱傭兵則是要想盡辦法不讓他們帶走光碟；「死亡對決模式」則要戰到一方倒下為止。
Ubisoft 還表示遊戲推出之後屆時將會釋出《縱橫諜海 3：混沌理論》關卡編輯器，這個關卡編輯器也將相容於上一代《縱橫諜海 2：潘朵拉計劃（Tom Clancy's Splinter Cell Pandora Tomorrow, SCPT）》的任務關卡，這樣一來便可在《縱橫諜海 3：混沌理論》的多人對戰模式之中使用《縱橫諜海 2：潘朵拉計劃》的遊戲關卡來玩。
多人合作模式則是由許多非得要兩兩互助合作才能通過的關卡所組成，例如一個人搆不著的高牆或是水管，這時就要靠玩家們同心協力配合才能通過，同時還能培養團隊默契；此次多人合作模式可透過網路連線、系統連結以及分割畫面來進行；《縱橫諜海 3：混沌理論》電腦版、Nintendo Game Cube、Xbox、PS2 版預計將於今年 3 月份推出。
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