因為「惡靈古堡Zero」採用的是雙主角，分別是特殊搜查部隊S.T.A.R.S.女隊員蕾貝卡，以及因涉嫌殺人而被押送前往監禁的前海軍少尉比利，所以在遊戲系統上也跟之前的「惡靈古堡」系列有所差異，如下介紹：
‧道具交換：當兩人同時行動時，可以直接進行兩人的道具交換
‧道具置放：當兩人分別行動時，可以把道具先放置在某地，等到另一人來時取用
‧角色交換：可以切換角色操縱，在本作必須頻繁的切換主角操縱解開謎團
‧命令：如果當兩人在一起時，可以對電腦下達命令操縱另一位主角
而這次新公佈的敵人有一隻超巨大的毒蠍，恐怖噁心的模樣讓人望而生畏，看來「惡靈古堡Zero」讓人毛骨悚然啊!!
