遊戲《練金術物語》的故事背景，是在說一個聯邦與公國各自在自己的設施內培養人才，玩家為該國家的「人才」，並會以隨機的方式配送到這兩個國家。
修凌格公國：
培育設施（玩家起源地）：廢棄工坊１Ｆ
背景：前身為公國開採礦區，自從一場大爆炸之後（或魔物入侵？）而荒廢，而連帶礦區外的村子遭到荒廢，全部村民都移往公國居住。而毀滅之村也是公國的起源地，被現任國王視為國家的黑歷史。至於玩家為何在設施裡昏倒，有著很大的疑點。
阿布魯聯邦：
培育設施（玩家起源地）：聯邦地牢Ｂ１
背景：好戰的聯邦領袖在城邦下方建立了數十里長的地牢，而該地牢用來關魔物、罪犯、以及領袖認為不順眼之人，越深處代表實力越強。但一直不解的是為何魔王封印後要放在Ｂ１給人看守而不是最深處。
玩家會在１～２１等左右完成基本操作任務並轉職，約轉職後的３０～４５等會了解國家背後的陰暗面。
雙方的陰謀都是要為了奪取對方的領地而不惜一切犧牲，其中公國的陰謀是與新教徒協議，暗中協助新教徒的秘密實驗，進而獲取世界最強物種；而聯邦是以武力奪取技工師－艾金爺爺所創造的機器人來量產。而其結果是：玩家為了救回艾瑪的弟弟，而意外阻止了最強物種的研發，但卻來不及阻止機器人遭到奪走。
好戰的聯邦領袖一心想要發動戰爭，將拿到的機器人量產後揮軍北上，公國國王於是出了下下策，使用魔物國家流傳的石化術，打算將雙方的兵全數石化。其結果是國王料想不到的，即便後面石化術是成功的，但達芬克為了阻止石化結束了他的性命。
但戰爭並沒有因國王的殞落、大量的石化影響而結束，領袖依舊北上試圖侵犯公國領地，但後面因他兒子的政變而不了了之。公國因王的殞落，無後。服侍國王的女僕們因達芬克的吹捧，女僕長娜琪亞瑟站了出來，繼承先王的意志統治修凌格公國，兩國的陰謀在這此畫下了句點。
【彩蛋】以下是芬達克欲當王的種馬之爆炸宣言回嘴：
達人
