(一、)第一階段-甘治士(Candidius)
在關注荷蘭人的傳教事業前，要記住的是荷蘭人本身的傳教熱情必並不高昂，教會人員通常會在荷蘭的瓦萊神學院中學習，並隨著荷蘭東印度公司的腳步踏上前往亞洲的路途上，但是公司的著眼點往往是商業的，他們沒有甚麼多大的心力要去用宗教來感化台灣島上的原住民，而巴達維亞當局雖然稱許這種教化工作，但其並不鼓勵殖民當局多花錢在傳教工作上，在撥款上，東印度公司也顯得十分吝嗇，教會人員隸屬於公司，也同時幫助公司在建立台灣秩序上出力甚多，牧師Junius，Simon van Breen都出任了公司的民政官。
荷蘭東印度公司在初期認為傳教是浪費錢
在荷蘭人在長官宋克(Sonck)的帶領下來到台灣時，教會的牧師工作主要有:「疾病慰問師」，「禮拜與祈禱的牧師」，以及「原住民的教師」，第一位被派遣來到台灣的牧師就是甘治士，他對台灣原住民的看法為，容易宣教並理解教意、沒有中央集權、沒有文字傳教方便。甘治士就此對公司表明應該派遣一個牧師來進行傳教工作，並在新港社實行，但甘治士的行動觸怒了當地的日本人與其原住民盟友，日本人扇動原住民反抗荷蘭人，1629麻豆社殺害了60名荷蘭人、目加溜不斷傷害漢人的牲畜，但新港人在目加溜被荷蘭人討伐後，又迅速與荷蘭人友好，在甘治士的堅持下，教士開始參與到了殖民政府的統治系統中。
麻豆社的成功突襲使荷蘭人威望掃地
接著Junius牧師來台，他努力學習西拉雅語並教育年輕的荷蘭人成為牧師，新港社也很快的背棄了傳統信仰，轉而信仰改革宗，傳教的工作是家父長制的，另一方面傳教的目的在於教化，並使原住民徹底與過往信仰說再見。
(二、)威服階段 1635~1636
由於之前麻豆社殺害荷蘭人的問題，使荷蘭當局在台灣受到了原住民的鄙視與輕視，1635年台灣當局同巴達維亞當局請求援兵，同年拘捕了新港社的反叛者，並攻擊了麻豆社，迫使後者求合，第二次則征討塔加拉揚社，放火焚燒之，蕭壟在前兩者被打擊後也投降了荷蘭人，其襲擊荷蘭人的罪犯被斬首，此後基本上台南的部落都臣服於荷蘭人了。
(三、)台灣教會的成立 Junius 1636~1643
1636年後，Junius積極的徵求公司對於傳教工作的重視，並且荷蘭人以新港社的率先服從，是圖讓周遭部落受其影響進而受荷蘭人教化，1636年Junius在新港設立了第一所學校，原住民孩童進入就學，並送孩子的父母米糧，以說服他們送自己的孩子去讀書而非下田，1643年Junius離開後，已經有5000人受洗，並首次舉行聖餐禮。
Junius
但是Junius的宣教後續的問題很多，首先是他無法確保續任傳教士的品格，Candidius離開後，四名接替他的牧師有兩名有著操守問題，而派來的牧師很難忍受台灣高熱且病菌橫行的天氣，紛紛中病死亡，Junius也試圖訓練原住民牧師，但是其素質不高、且品行不良，另外送原住民回國訓練成本過高，最終此方案被廢棄。最後原始信仰尚存也是傳教的阻礙之一，尤其是所謂的尪姨問題，所謂的尪姨就是一種部落的靈媒，他們也是反抗基督教傳播的保守勢力，1658年大員評議會達成了對偶像崇拜的刑罰，包含通姦者鞭刑，崇拜偶像者上枷並鞭打，並流放。
(四、)過渡期 Junius 1643~1647
Junius的工作除了宣教外，更有管理民政的工作，頒發獵鹿執照給漢人並監控他們的行動，監控社長老與教師的互動，關注稻米種植等，除非長官下令，這些民政工作基本上都是由Junius負責，Junius不但有民政經驗，更對部落各社語言風俗非常了解，在荷蘭統治的北路地區，在缺少民政官員的情形下，荷蘭教士也被委任除了死刑外的所有司法事務。而大員小會開始對Junius產生不滿，雖然Junius認為傳教過程順利，但小會不這麼覺得，並擔心荷蘭母會的失望加之Junius對公司傳教熱情的批評，使小會頻頻批評Junius，而傳教士的工作也有所改變，1643年Junius去職，並解除行政工作，荷蘭東印度東公司也開始打壓教權，長官Caron也說明公司與教會政教分離的原因:
1.沒必要設民政官，因為相關事務很少，主要事務多在熱蘭遮城內
2.民政官帶來的花費須要依工作來支付其花費，對公司而言是個負擔
3.台灣地區的官員薪水太多
4.民政官與牧師有著權力上的衝突，民政官自認高於牧師
(五、)教會的勃興 Gravius 1647~1653
Gravius
Gravius的主要貢獻在於翻譯祈禱文為當地語言，並翻譯了馬太福音與約翰福音，Gravius清楚制定了教義課程的執行法，一個兒童必須學習初級荷蘭文、學習祈禱文、並背誦《基督教要理問答》，Gravius也推廣了水牛的運用，在這時牧師的強大影響力，影響學校、民政，當時的教會是屬於公司屬下，卻包辦了許多事項，所以政教之間的衝突不可免。
首先教會成員的薪水是公司支付，而大員評議會的一位成員由公司派遣，其小會的作為必須要由評議會批准，在獨裁的梵碧德(Verburgh)長官在任時，力主於打壓教權，與教會的衝突加劇，當時的教士會透過民政的職位迅速致富後離開，牧師如花德烈、賀拉夫，被巴達維亞的報告中指出不熱心於傳教，而是專注於改善物質生活，並勒索漢人中飽私囊，1651年，公司才正式解除牧師針對民政的干預。
(六、)教會的成長與終結 Hambroek 1647~1662
Hambroek與Junius一樣，都是精通西拉雅人與熟悉當地風俗的教士，然而民政與教士的分離，加之台灣接二連三的蝗災與傳染病，已經使台灣的牧師成長受限，另一個未曾實現的計畫便是建立一個神學校，訓練原住民牧師，但其後已經沒有相關計畫了，直到1662年國姓爺攻台，全台大約剩下五名牧師還在負責傳教工作，荷蘭人的傳教工作困難除了疾病與公司利益的問題外，還有人民缺少聖經讀本、家父長管理不夠在地化。
