主線故事整理，關於巴耶克和艾雅。
超級劇情雷。
超級劇情雷。
一切的一切從主角兒子被殺開始，那時他天真的以為只要殺死當時在場的五個人就能讓兒子的靈魂得到安息，沒想到這些人還有更上一階的管理者。
雖然心裡跟主角一樣吐槽"暗殺完一個又一個，到底有完沒完"，不過看在過程還是略有差異的份上還是給過(？)。
像是在神殿裡當跟蹤狂，靠特徵找出真正有問題的祭司。
或是原本以為找到線人結果根本是目標本人，不但被利用還慘遭活埋。
而他的妻子則是加入"克麗奧佩脫拉"(以下簡稱女法老)的陣營，作為使者出海和"龐培"交涉。
女法老為了掌權，在夫妻倆會面後也會要求主角做這做那，雖然有些目標剛好也在暗殺名單內，但主角一直對此嗤之以鼻。
在"龐培"死後，"凱薩"成了和羅馬聯手的第一人選，雖然女法老的弟弟(托勒密十三世)搶先聯絡到對方，不過還是不敵所謂的"真正聯姻"落得被沉入水中的下場。
過沒多久，女法老表示無論如何都想帶"凱薩"參觀亞歷山大墓園，要主角找條可以繞過坍塌入口的路。
(事後發現他們取走了棺材裡的權杖)
(事後發現他們取走了棺材裡的權杖)
沒想到在這之後，主角要殺掉名單上的最後一人(胡狼)時遭官兵阻擋，還被女法老一腳踢開。
而後這些被拋棄的人們成立了自己的組織：兄弟會。
但事態並沒有因此好轉，女法老親信"阿波羅多羅斯"直到死前才發現自己也是塊墊腳石，甚至"上古維序者"的首領、殺害主角兒子的最後一人就是"凱薩"的親信"弗拉維厄斯"。
最後兩人趕回最初的場所，阻止了"弗拉維厄斯"野心，讓兒子得到真正的安息，一切就這樣結束了。
雖然我很想吐槽那地球有夠迦勒底亞斯(FGO梗)。
只是當一切塵埃落定，他們還是沒能回到以往的日子。
分開後他們各自為了兄弟會努力，主角去了西奈(DLC：The Hidden Ones)，而"艾雅"則前往羅馬刺殺胡狼，並和元老院聯手解決"凱薩"。
向女法老提出警告後，"艾雅"在羅馬設立了據點，用新名字展開新生活。
全劇終。
