超級英雄的行為的後果，和人類對此的反映，構成了沙丘系列的深層主題。在一次對法蘭克·赫伯特的採訪中，作者說道：
「巨大的問題產生於當人類的錯誤在超級英雄所具有的巨大能力尺度上發生時... 英雄是痛苦的，超級英雄的災難性的。超級英雄的錯誤將我們太多人捲入災難。」
「我有這個超級英雄對於人類是災難性的理論，即使你假設存在一個不犯錯誤的英雄，這個英雄所發動的事物最終將落入易犯錯的凡人手中。有什麼比跟隨超級英雄的關鍵決策和決策團體所驅動的狂野的搖擺更能摧毀一個文明，社會或是種族呢？」
強調生態和宗教思想和多重文化主題的使用是該小說和以前的科幻作品的經常引起爭議的主要區別。
沙丘系列中的政治主題包括人類對於政治宣傳、宗教教條和性誘惑的操縱的脆弱抵抗力，以及自覺和自控還有對於權力和控制的學習在抵抗這類控制中的重要性。
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