本作是以學園城市為舞台,敘述擁有稱為「人格面具」(Persona)特殊能力的少年少女的角色扮演遊戲。
隨著《女神異聞錄2》的完結,本作採用全新的世界設定、登場人物、遊戲系統及故事背景。遊戲分為白天與朋友一起的學園生活及夜晚與在「影時間」出現的神秘怪物「陰影」的戰鬥。
距離前作發售相隔6年,本作採用全新的設定,加入時間經過與人際關係系統,加重學園的日常生活的部分,
故事開始的時間為2009年4月。除了與前作一樣可以培養Persona 外,本作還可以將Persona 合體成為新的Persona。
本作由《真·女神轉生III-Nocturne》的團隊製作,同樣加入技能繼承和技能轉換系統,使Persona的培養更加深入。
戰鬥系統是由《真·女神轉生III》的「Press Turns」戰鬥系統改良,亦而加入女神轉生系統中受歡迎的要素,例如「天鵝絨房間」加入「人格面具全書」等。
在粉絲的期待下,《女神異聞錄3 FES》在日本於2007年4月19日發售,收錄了追加劇情。「FES」是節慶(festival)的簡稱。
收錄描述女神異聞錄3結束後的新故事「Episode Aegis」,而正編「Episode Yourself」追加各種各樣的新要素,亦可以繼承女神異聞錄3的一部份遊戲記錄。
除了本篇故事以調整後的型式再推出之外,追加和本篇情相關的後日談:因為迷宮突然崩潰,世界反向穿了一個大洞,如果不解決大洞,世界會不停重複3月31日。而在過程之中,更會看到主人公,風花、Aegis以外的人為何會和影時間扯上關係。
不過就如字面上的「後日談」所言,內容只是新追加的劇情,對本篇沒有影響。同時也不能使用本篇裡的人格面具全書,社群也沒辦法繼承,而且玩家將使用埃癸斯進行故事,主要攻擊手段為貫通系,導致玩家能夠使用的戰術受到了一定的限制。