官方集數 / 標題名稱
230. 神秘乘客（上集）(初次登場)
231. 神秘乘客（下集）
259. 來自芝加哥的男人（下集）
270. 犯罪的紀念品（下集）(片尾彩蛋)
288. 工藤新一的紐約事件（解決篇）
308. 殘留下來的無聲證言（下集）(片尾彩蛋)
309. 接觸黑色組織（交涉篇）(片頭-接續上集)
311. 接觸黑色組織（決死篇）(片尾彩蛋)
336. 東都現像所的秘密（下集）(片尾彩蛋)
338. 4台保時捷（上集）
339. 4台保時捷（下集）
345. 與黑暗組織直面對決 滿月之夜的兩起神秘事件（2.5小時特別版）
425. 黑色衝擊！組織之手逼近的瞬間（2.5小時特別版）
462. 黑暗組織之影 小小目擊者(片頭)
492. 紅與黑的碰撞（血緣）(片中出現一下下)
495. 紅與黑的碰撞（昏睡）
496. 紅與黑的碰撞（侵入）
497. 紅與黑的碰撞（覺醒）
498. 紅與黑的碰撞（攪亂）
499. 紅與黑的碰撞（偽裝）
500. 紅與黑的碰撞（遺言）
501. 紅與黑的碰撞（嫌疑）
502. 紅與黑的碰撞（清白）
503. 紅與黑的碰撞（決死）
504. 紅與黑的碰撞（殉職）
官方集數 / 標題名稱 沖矢昴
509. 紅白黃色和偵探團
510. 柯南VS雙重暗號之謎
511. 推理對決！新一VS沖矢昴
525. 憎恨的藍色火花（下集）(片尾)
達人
