《絕區零》的故事起於傳奇繩匠法厄同與萬事屋狡兔屋之間的合同，狡兔屋的老大妮可拖著一身債務再度向法厄同求救，目標是遺失在空洞中的貨物以及珍貴的兩位夥計，當然在妮可心中優先順序真不好說。
不過就是這樣的日常打鬧構成這個愉快帶點嚴謹的日常與非日常，表面上的影帶出租店年輕兄妹老闆與私底下的繩網傳奇繩匠法厄同，他們在探索著空洞並且熟悉空洞的威脅與鄰居之道的現實，這個新艾利都有著公開的秘密與不為人知的謊言。
在世界觀上構成虛狩的七人與相關的種種謎團，這七人的背景形成這幅後末日景色的真相，但生活在新艾利都的人們又知曉多少，平凡無奇的街景與科技交錯的生活產品。
在這個有著眾多獸族稀人以及獲得禁果知識的人造智慧體，更別提還有所謂的空洞適應性以及以太能源、以骸怪物等既是優勢也是威脅的事物，人們還是繼如往常般生活於都市，我們看待的就是一幅日常與非日常之間宛如裂口的奇妙故事。
關於繩匠法厄同隨著道義而捨棄的虛名，玩家扮演的兄妹主角重回繩匠的等級排行上，這也是故事推進的等級狀態之一。
其中也包含了進入空洞後實際戰鬥的代理人與相關的武器與技能，皆成為後續玩家需花費時間培養隊伍強度，接取任務獲取經驗，反覆於任務之間並與各方勢力交流競合，帶著迷因趣味的故事穿插其中，另類接地氣的方式向玩家反映著一個熟悉且熱鬧的新世界。
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