本作中將先前遊戲的回合制系統徹底翻轉，主打動作遊戲複合怪盜活動的闖關形式。主角群將深入一處處由監獄搭建的地理景物。
從起初的東京澀谷打造有如遊樂舞台的魔幻空間與街景，充斥著暗影徘徊與巡邏的異色空間，在突破每座牢獄塔後進入為王所設下的心之牢籠，奪取其中的扭曲願望擊敗怪誕的王座，釋放被囚禁的願望與人們。
遊戲的進程將隨著怪盜團巡旅日本各地，向北前往仙台、札幌，隨後一舉南進過站京都直入沖繩，在南國島嶼的沙灘與海景後則千里迢迢再度回歸東京，之後轉戰大阪，完成一趟周遊日本的簡易旅程。
過程中有著少年們的青春遠行，還得緊繃神經對抗深藏於異世界的暗影大軍，處置盤據於各地的籠中王座，並為最終一舉揭穿埋藏在幕後的真實意圖。
《女神異聞錄5 亂戰 魅影攻手》算是簡化了原作中的社群養成等角色扮演要素，給予一套單一的主線故事。
在省略日常社群後則是快節奏的監獄探索以及劇情推進，畢竟原先長達一年的社群養成，在此處則是為期一個月的日本暑假行，改採這種主線故事架構也符合時間排序，尤其還得快速穿梭日本從北至南的重點名勝場景，屬實已經快馬加鞭的程度。
所以故事的大方向在核心成員間早已熟悉的日常默契外，加入了寄宿第二位的蘇菲亞，以及另有謀圖的警察長谷川善吉，側面映照著心之怪盜團仍處於一個被各方密切關注的對象，不僅是警方，連同與之敵對的陣營也密切注視著這群反抗者。
這群雖然在異世界擁有神通廣大的少年少女，在現實世界中最突出的也僅有雙葉的世界級駭客能力。
這群人青澀且堅定的理念，因夥伴而勇敢無懼的氣勢，一再征服著那群被自身理想壓垮進而扭曲的陰影，有如光照下無處可容的倒影。怪盜在現實中是一群目無法紀然而行俠仗義的俠盜，在異世界則是扮演著英雄般的角色懲奸除惡，並以力征伐，以理說服。
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