「KERORO 軍曹超劇場版 2～深海的公主」電影中，有兩個電視動畫沒有的角色—Ma 隆星的王子 Merl 和他的隨從 Marl，這兩個來自 Ma 隆星的角色，外型討喜。
電影故事發生在南太平洋的美麗島嶼和深海中，描述從 Ma 隆星漂流到地球，長久以來相依為命的 Ma 隆星後裔 Merl 王子及隨從 Marl 兩人，要找到地球上最堅強且溫柔的公主，重建自己的王國。
沒想到 Merl 及 Marl 兩人心目中理想的公主竟然是 KERORO 軍曹寄住的日向家長女夏美，結果 KERORO 小隊為了解救被綁架到深海神秘王國的夏美，展開一場拯救夏美大作戰。
然而，被當作公主的夏美，在探訪根據她的記憶投影而創建的夏美城與城下町同時，似乎不知不覺開始醉心享受起這種被重視的皇室生活；Merl 他們此時卻密謀著要將地球變成像自己故鄉一樣，變成一個 100% 的海洋星球。
到底 KERORO 小隊能否夠救出夏美，並成功拯救地球，結果就在電影中。
