《名偵探柯南》中，頗具名聲的高中生偵探工藤新一，在某次偶然的機會中目睹了黑暗組織的地下交易，正準備追蹤時卻遭人突襲擊昏，並被灌下代號為 APTX4869 的毒藥。後來雖然倖免於死，但身體就此縮小為小學生的模樣，並化名為「江戶川柯南」，寄住在偵探毛利小五郎家中，繼續秘密從事偵探工作，並私下探尋獲得解藥的管道，希望能夠恢復原來的樣貌。
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| 新系列連載內容 | 新系列連載內容 |
而雖然自 1994 年連載以來長達 75 集單行本的漫畫、以及電視動畫和電影作品中，柯南等人也數度與黑暗組織交手，不過至今他們的真實身分仍然不明。
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| 「BELLTREE 列車殺人事件」海報 |
在最新系列「BELLTREE 列車殺人事件」的最初話（全系列的第 818 話）「神秘列車［發車］（暫譯，ミステリートレイン［発車］）」中，黑暗組織獲知了原本也隸屬於他們的灰原所搭乘的列車，並企圖要殺害她……。
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| 《東方快車謀殺案》小說封面 |
本次作者也以英國推理小說家阿嘉莎·克莉斯蒂的經典小說《東方快車謀殺案》封面為發想設計了海報，並以「揭開柯南 VS 黑暗組織之幕」、「眾星雲集的演出、柯南史上最豪華、最接近真實的衝擊最新系列」為題，告知讀者們本次的系列主題。不過究竟本次的故事內容是否會完整揭開黑暗組織的面紗，還有待讀者繼續看下去了。
