背景在 199X 年世界普遍流行世紀末預言的時代，在日向家突然降臨了來自外星球卻酷似青蛙的外星人─KERORO 軍曹。身負侵略地球使命的 KERORO 軍曹卻輕易被夏美和冬樹抓住，不但無法達成任務，還反而在地球上過著愉快的佣人般的生活。他的部下 TAMAMA、GIRORO 等也相繼登場，隨著侵略地球部隊成員匯集，日向家也陷入一片混亂中……。
而 KERORO 軍曹原創劇場版第 3 彈的故事內容中，冬樹與 KERORO 小隊一起去參觀印加帝國遺跡。喜歡超自然的冬樹非常開心，但是身旁的 KERORO 卻滿腦子都在想著侵略地球的事。他們在那裡發現了迷宮般奇妙的遺跡，並遇上了一位神秘少女。冬樹等人就這樣帶著對少女的疑問回到了東京漸漸了遺忘這個事情。
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然而此時有個相貌神似 KERORO 的傢伙豋場，有著異常冷靜、沉著的態度，並且準備好即將迅速執行侵略地球計畫的黑暗 KERORO 與沉迷於鋼彈的傻瓜青蛙非常不同。他帶著手下們開始展開侵略世界各地。藍星的命運將會如何？KERORO 小隊能夠挺身而出再次成功保衛地球嗎？
此外，特別篇 「武者 KERO 宣佈！戰國群星大戰鬥」也將同時登場！
Video: KERORO軍曹3超劇場版-宣傳影片-AC-巴哈姆特GNN
